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Plateforme Transversale de Biologie Moléculaire Secteur BM Et Secteur BM-NGS

Plateforme Transversale de Biologie Moléculaire Secteur BM et Secteur BM-NGS

Présentation

La plateforme de Biologie Moléculaire de l’Institut de Biologie et Pathologie est une structure transversale dont la vocation est la réalisation d’actes de biologie moléculaire nécessaires aux diagnostics biologiques.

Principales missions :

Diagnostic de maladies rares
Diagnostic et suivi thérapeutique des cancers
Génotypage viral et suivi épidémiologique
Projets de recherche

Spécificités de la plateforme

L’équipe de la plateforme gère le parc instrument, réactif ainsi que la mise en place de nouveaux projets et les formations des équipes utilisatrices du CHU Grenoble Alpes pour les analyses biologiques de routine.
L’équipe de la plateforme peut prendre en charge des projets de recherche ponctuels (voir contacts pour toutes demandes de renseignements).

Le matériel

La plateforme regroupe les moyens nécessaires pour le traitement des échantillons, de l’extraction d’acides nucléiques jusqu’au prétraitement des données générées.

La plateforme comprend :

Pour l’extraction et le dosage des acides nucléiques :

Un QiaSymphony
Un Maxwell
Trois Qubit Fluorimeter

Pour la préparation automatisée de librairies et/ou la purification automatisée de réaction PCR et la vérification qualité :

Quatre automates NGS prep MagnisDx
Un automate pipeteur Biomek 4000
Une TapeStation 4200

Pour l’amplification PCR :

Un parc d’appareils d’amplification PCR et PCR-temps réel

Pour le séquençage :

Un séquenceur ABI 3500XL
Un séquenceur SeqStudio
Un séquenceur NGS GSS5pl de ThermoFisher Scientific
Deux séquenceurs Illumina NextSeq 500/550
Un séquenceur de 3ème génération ONT GridIon

Le traitement et l’archivage des données de séquençage NGS est réalisé en collaboration avec l’équipe bioinformatique de la plateforme PTDOM.

Contacts

Responsable médical : Pr Julien Fauré

L’équipe BM :

Pr Julien Fauré
Mélanie Ferreira, cadre de laboratoire

L’équipe NGS :

Christel Laugier et Nelly Magnat, ingénieures responsables de la plateforme secteur NGS : claugier@chu-grenoble.fr nmagnat@chu-grenoble.fr
Béatrice Leprohon, technicienne de la plateforme secteur NGS
Mélanie Ferreira, cadre de laboratoire

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